Шифрована библиотека

Шифрована библиотека|Истражите секвенцијалне ефекте|Функционална варијанта скрининга|Прилагођавање библиотеке пептида|Наука{0}}Пептид

У проучавању протеина и пептида, редослед секвенци аминокиселина често одређује њихову структуру и функцију. Када већ имате активан родитељски пептид и желите да истражите ефекат секвенце на активност, или да пронађете нове секвенце са сличном функцијом уз задржавање непромењеног састава аминокиселина, Сцрамблед Либрари (Схуффлед Пептиде Либрари) постаје идеалан алат. На основу више од 20 година искуства у синтези пептида, Сциенце-Пептиде вам пружа прилагођене услуге креирања шифроване библиотеке - тако што насумично омета секвенцу аминокиселина дате секвенце или рекомбинује више родитељских пептидних фрагмената да би се генерисала разноврсна колекција секвенци, што је корисно за оптимизацију конформације и нове функционалне студије открића лига.

Шифрована библиотека се односи на мешавину пептида конструисаних насумично реорганизацијом њиховог реда аминокиселина или комбинација фрагмената коришћењем једне или више родитељских пептидних секвенци као шаблона. За разлику од потпуно рандомизованих библиотека пептида, састав аминокиселина у шифрованој библиотеци је често ограничен (нпр. одржавањем константним врсте аминокиселина и броја родитељског пептида и само нарушавањем редоследа), тако да се секвенцијални ефекти могу испитати док се контролише састав. Такве библиотеке се могу користити за:

Одређивање позиционе зависности кључних остатака у родитељском пептиду
Скрининг за алтернативне пептиде са сличним активностима али различитим секвенцама
проучавање секвенцијалне конзервације протеинских структурних домена или модалитета
оптимизација стабилности, афинитета или селективности пептида

 

Кодиране библиотеке се могу категорисати у два типа, у зависности од тога како су дизајниране:
Библиотека преуређења пуне секвенце: аминокиселинска секвенца родитељског пептида је потпуно рандомизована да генерише све могуће пермутације (или насумично узорковање). На пример, 5-пептид (који садржи 5 различитих аминокиселина) може да генерише 120 пермутација.
Библиотека за преуређење фрагмената: Родитељски пептид или хомологна секвенца се дели на одређени број фрагмената, а затим се ови фрагменти насумично комбинују да би се добиле химеричне секвенце.

Срж изградње шифроване библиотеке лежи у томе како постићи истинско „насумично преуређење“ у синтези, уз контролу величине библиотеке и дистрибуције секвенце. Користимо стратегију комбинаторне синтезе у комбинацији са синтезом пептида у чврстој{1}}фази да бисмо прецизно конструисали високо{2}}квалитетне шифроване библиотеке за вас.

1. Консултације о дизајну
Ви дајете родитељску пептидну секвенцу (једнократну или вишеструку) и правила преуређења (да ли да се дозволи дуплирање аминокиселина, да ли да се састав аминокиселина остане непромењен, како поделити фрагменте, итд.). Наш технички тим ће препоручити најприкладнију стратегију преуређења према вашем циљу и проценити теоријски капацитет библиотеке и изводљивост синтезе.

2. Генерисање скупа секвенци
У зависности од дизајна, алгоритамски генеришемо све могуће пермутације или вршимо насумично узорковање да бисмо контролисали величину библиотеке. За велике библиотеке (нпр. више од 10⁶), може се користити стратегија „помешати-и-синтезу, у којој се комбинације аминокиселина насумично уводе током синтезе уместо да се унапред-генерише свака секвенца.

3. Опције синтетичке стратегије
Један-по{1}}један метод синтезе: Када је библиотека мала (нпр<1000 species), each sequence can be synthesized separately and mixed to make a library. This method makes the sequences clear and easy for subsequent analysis.

Мешовита синтеза: За Сцрамблед библиотеку са великим капацитетом библиотеке, истовремено смо спојили више аминокиселина на свакој променљивој позицији (помешани према пројектованом односу) и добили мешавину свих секвенци кроз једну рунду синтезе. Овај метод је веома ефикасан, али захтева прецизну контролу односа мешања аминокиселина да би се обезбедила униформност дистрибуције секвенце.

Метода спајања фрагмената: За библиотеке за преуређивање фрагмената, сваки фрагмент се синтетише засебно, а затим се фрагменти састављају насумичним редоследом на смоли да би се добиле химеричне библиотеке.

4. Контрола квалитета
ХПЛЦ анализа: Посматрајте укупну дистрибуцију библиотеке пептида и потврдите да нема очигледног доминантног пика (да би се избегла пристрасност синтезе).
Идентификација масеном спектрометријом: Проверите да ли је опсег молекулске тежине у складу са теоретском дистрибуцијом.
Анализа састава аминокиселина: Уверите се да је укупни однос аминокиселина након преуређења у складу са дизајном.

5. Облик испоруке
Обезбедите лиофилизовани прах (може да садржи носач), раствор или спојен са биотином, флуоресцентним маркерима, протеинима носачима, итд., према потреби, како би се олакшала директна употреба у скринингу.

Студије односа{0}}структурних ефеката

Када откријете да пептид има специфичну активност и желите да знате да ли је секвенца аминокиселина критична, конструисањем шифроване библиотеке и скринингом она може брзо да идентификује секвенцијалне мотиве који одржавају активност, или да одреди које су позиције критичне за функцију.

Функционална оптимизација и развој алтернативних пептида

У неким случајевима, родитељски пептид можда није погодан за директну примену због слабе стабилности, високе имуногености или потешкоћа у синтези. Конструисањем шифроване библиотеке, могуће је прегледати алтернативне пептиде са сличним функцијама, али бољим секвенцама.

Моделирање епитопа и дизајн вакцине

За конформационе епитопе, њихове активности зависе од специфичних просторних аранжмана. Конструисањем шифроване библиотеке засноване на познатим секвенцама епитопа, линеарни пептиди који опонашају конформацију природних епитопа могу се прегледати за употребу у развоју вакцине или дијагностичким реагенсима.

Резолуција интерфејса интеракције протеина

У интеракцијама протеина{0}}протеина, интерфејс везивања се често састоји од више кључних остатака чији релативни положаји могу бити важни. Скенирање секвенци интерфејса коришћењем библиотеке преуређивања може открити допринос поравнања остатака афинитету везивања.

Скрининг пептидних лекова

У фази оптимизације оловних пептида, изградња шифроване библиотеке може помоћи да се истражи простор секвенце и идентификују варијанте са већом активношћу или бољом селективношћу.

1. Професионално искуство у дизајну
Направили смо разне шифроване библиотеке за многе домаће и стране фармацеутске компаније и истраживачке институте, које покривају антимикробне пептиде, пептиде{0}}продорне у ћелије, рецепторске лиганде и друге врсте пептида. Разумемо захтеве различитих истраживачких циљева и можемо да пружимо професионалне савете о стратегијама преуређења.

2. Флексибилне стратегије синтезе
У зависности од величине библиотеке и сложености секвенце, можемо флексибилно да бирамо једну-по- једну синтезу, хибридну синтезу или склоп фрагмента да бисмо постигли равнотежу између цене, времена циклуса и квалитета. За -преуређивање библиотека великих размера, имамо зрели процес „хибридне синтезе“ да бисмо обезбедили униформност дистрибуције секвенце.

3. Ригорозна контрола квалитета
Поред рутинске ХПЛЦ и МС, посебно препоручујемо НГС валидацију, која вам пружа квантитативне податке о дистрибуцији секвенци, тако да имате јасну представу о квалитету библиотеке. Сви резултати контроле квалитета су сумирани у извештају ЦОА ради јасне следљивости.

4. Једно-шоп на једном месту
Од дизајна, синтезе, контроле квалитета до подршке за низводне апликације (нпр. означавање, спајање), укључени смо у цео процес како бисмо осигурали да се Сцрамблед библиотека неприметно уклапа у вашу платформу за скрининг. Такође можемо да вам помогнемо у идентификацији и поновној-синтези позитивних клонова након скрининга.

5. Заштита интелектуалне својине
Сви пројекти имају потписан уговор о поверљивости, ваша родитељска секвенца пептида, концепт дизајна и циљеви истраживања познати су само пројектном тиму, а управљање подацима испуњава стандарде безбедности информација.

Без обзира да ли желите да истражите секвенцијалне мистерије родитељског пептида или да истражите алтернативне секвенце са бољом функционалношћу, Сцрамблед библиотека може да вам отвори нове димензије истраживања.Сциенце-Пептиде се радује сарадњи са вама како бисмо пружили поуздану подршку за ваше пројекте уз професионалну технологију синтезе и ригорозну контролу квалитета.