Приликом употребе пептида често се сусрећемо са показатељима чистоће пептида и садржаја пептида. Многи људи се могу питати зашто је њихова чистоћа пептида 95%, али садржај пептида је само 80%. То је зато што су ово два потпуно различита концепта.
Чистоћа пептида: Чистоћа пептида се односи на количину циљног пептида откривену на 214 нм (214 нм је таласна дужина апсорпције пептидног ланца) коришћењем ХПЛЦ анализе.
Садржај пептида: Односи се на проценат пептида у односу на супстанце које нису -пептиде у узорку.
Чистоћа пептида се односи на садржај циљног пептида детектован ХПЛЦ на 214 нм (214 нм је таласна дужина апсорпције пептидног ланца). Поред циљног пептида, ХПЛЦ може да открије нечистоће укључујући: избрисане секвенце (циљне секвенце којима недостаје један или више аминокиселинских остатака), скраћене секвенце (секвенце генерисане током заштите) и непотпуно уклоњене секвенце (што резултира процесом синтезе или коначним процесом цепања). Међутим, ХПЛЦ не може да открије воду и заостале соли као што су трифлуороацетат (ТФА) и ацетат. Током синтезе пептида, пептидна секвенца се одваја од смоле помоћу ТФА, а мала количина ТФА се такође ствара током пречишћавања. Стога, слободни амино терминус и други бочни ланци пептида, као што су Арг, Лис и Хис, могу генерисати мале количине ТФА нечистоћа. Други проблем је влага. Пептиди се обично дехидрирају лиофилизацијом, али чак и тако, вода ће постојати у различитом степену у зависности од ковалентног капацитета везивања. Стога, испоручени пептиди обично садрже ТФА соли и количине воде у траговима, које се ХПЛЦ не може детектовати, што доводи до разлика у садржају и чистоћи пептида.
